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短程蒸餾器的分子蒸餾是在普通蒸餾的基礎上引進飽和蒸汽壓和分子平均自由程的概念，將脫離液相主體的輕組份分子以較快的速度捕捉積聚，也是加熱面到冷凝面的距離等于或小于輕組份分子的逸出自由程，但需要大于重組份的分子平均自由程。

為了得到好的捕捉效果，冷凝面積要大于蒸發面積，以得到分子蒸餾的目的。但由于受設備結構的影響，實際的設備不可能得到理想分子蒸餾的條件，只能接近或模擬分子蒸餾，因此我們稱之為短程蒸餾器，決定其分離能力的因素有以下幾個方面：

1、混合液體中輕組份從液相主體向加熱面的擴散速度；

2、輕組份的飽和蒸汽壓及系統的真空度；

3、輕組份分子逸出到捕捉及冷凝積聚的速度（即加熱面到冷凝面的距離）。

在設備內放置內置冷凝器，使加熱面與冷凝面之間的距離小于或等于輕組份的分子平均自由程，由蒸發面逸出的分子飛射及凝集到冷凝面上，使輕組份的收集積聚達較快的速度。輕組份的一瞬凝聚，不會有阻力降，因此能保障短程蒸餾器內的高真空。