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分子蒸餾它不同于傳統(tǒng)蒸餾依靠沸點(diǎn)差分離原理，而是靠不同物質(zhì)分子運(yùn)動(dòng)平均自由程的差別完成分離。

當(dāng)液體混合物沿加熱板流動(dòng)并被加熱，輕、重分子會(huì)逸出液面而進(jìn)入氣相，因?yàn)檩p、重分子的自由程不同，因而，不同物質(zhì)的分子從液面逸出后移動(dòng)距離不同，若能恰當(dāng)?shù)卦O(shè)置一塊冷凝板，則輕分子達(dá)到冷凝板被冷凝排出，而重分子達(dá)不到冷凝板沿混合液排出。這樣，達(dá)到物質(zhì)分離。

薄膜和冷凝面之間的壓差是蒸汽流向的驅(qū)動(dòng)力，關(guān)于微小的壓力降會(huì)引起蒸汽的流動(dòng)。在1mbar下運(yùn)行要求在歡騰面和冷凝面之間十分短的距離，基于這個(gè)原理制造的蒸餾器稱為短程蒸餾器。短程蒸餾器（分子蒸餾）有一個(gè)內(nèi)置冷凝器在加熱面的對(duì)面，并使操作壓力降到0.001mbar。

短程蒸餾器由外加熱的垂直圓筒體、位于它的中心冷凝器及在蒸餾器和冷凝器之間旋轉(zhuǎn)的刮膜器組成。

蒸餾進(jìn)程是：物料從蒸發(fā)器的頂部加入，經(jīng)轉(zhuǎn)子上的料液分布器將其接連均勻地分布在加熱面上，隨即刮膜器將料液刮成一層極薄、呈湍流狀的液膜，并以螺旋狀向下推動(dòng)。在此進(jìn)程中，從加熱面上逸出的輕分子，經(jīng)過(guò)短的路線和幾乎未經(jīng)碰撞到內(nèi)置冷凝器上冷凝成液，并沿冷凝器管流下，經(jīng)過(guò)位于蒸發(fā)器底部的出料管排出；殘液即重分子在加熱區(qū)下的圓形通道中搜集，再經(jīng)過(guò)側(cè)面的出料管中流出。