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1、分子蒸餾是蒸發溫度比減壓蒸餾更低，但是問題也是有的，首先是機理方面，比常規精餾復雜，還難以直接進行設計，需要前期實驗。

　　2、常規蒸餾，主要依據不同物質的沸點與相對揮發度進行設計，但是對于分子蒸餾，分子的自由程對蒸發過程的貢獻更大，因為不同物質的擴散層厚度受分子自由程的影響更大。

　　3、因此分子蒸餾是一個與常規蒸餾完全不同的過程。另外是設備結構復雜，有轉動機械，也有冷卻的內外筒。此外內外筒間距要求小，而在大型設備中內外筒安裝的同心度是一個問題。

　　4、可有選擇蒸揮發出產物，去除其它雜質，通過多級分離可同時分離2種以上的物質。

　　5、遠低于物料沸點的溫度下操作，而且物料停留時間短；利于高沸點、熱敏及易氧化物料的分離。

　　6、有效地脫除液體中的物質如有機溶劑、臭味等。對于采用溶劑萃取后液體的脫溶是非常有效的方法。

　　7、分離程度更高，分子蒸餾能分離常規不易分開的物質。

　　8、沒有沸騰鼓泡現象，分子蒸餾是液層表面上的自由蒸發，在低壓力下進行，液體中無溶解的空氣。

　　9、在蒸餾過程中不能使整個液體沸騰，沒有鼓泡現象