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分子蒸餾是一種特別的液--液分別技能，它不同于傳統蒸餾依托沸點差分別原理，而是靠不同物質分子運動均勻安閑程的差異完成分別。當液體混合物沿加熱板活動并被加熱，輕、重分子會逸出液面而進入氣相。　　

因為輕、重分子的安閑程不同，因而，不同物質的分子從液面逸出后移動距離不同，若能恰當地設置一塊冷凝板，則輕分子到達冷凝板被冷凝排出，而重分子達不到冷凝板沿混合液排出。這樣，到達物質分別的意圖。　　

在沸騰的薄膜和冷凝面之間的壓差是蒸汽流向的驅動力，關于細小的壓力降會惹起蒸汽的活動。在1mbar下運轉請求在沸騰面和冷凝面之間非常短的距離，根據這個原理制作的蒸餾器稱為短程蒸餾器。短程蒸餾器（分子蒸餾）有一個內置冷凝器在加熱面的對面，并使操作壓力降到0.001mbar.　　

短程蒸餾器是一個作業在1~0.001mbar壓力下熱分別技能過程，它較低的沸騰溫度，非常合適熱敏性、高沸點物。其根本構成：帶有加熱夾套的圓柱型筒體，轉子和內置冷凝器；在轉子的固定架上精準裝有刮膜器和防飛濺安裝。內置冷凝器坐落蒸發器的中心，轉子在圓柱型筒體和冷凝器之間旋轉。